乍一看，Windows CE和Windows XP Embedded似乎并无区别。两个系统都属于组件化操作系统，均配备相似的程序接口（Win32、MFC、ATL以及对.NET应用的支持），采用相似操作系统技术，均支持网络、互联网浏览器、媒体播放器等等。如果了解每款操作系统的设计目标，选择时就会更容易。
Windows CE是一款体积小巧和组件化实时操作系统，它可以在多处理器架构上运行。而另一方面，则可以将Windows XP Embedded视为集成了内嵌功能的Windows XP Professional Service Pack 2的组件化版本。现在我们来分析一下两款操作系统的某些特性。
我们已经知道Windows XP Embedded是Windows XP Professional Service Pack 2的组件化版本。此操作系统包含了近12,000个独立组件，内置约9,000个设备驱动程序，采用了3,000项操作系统技术。你可以挑选在嵌入式操作系统映象中需要包含的驱动程序、服务与应用。如果您不需要媒体播放器、Notepad或IE，也就没必要在你的操作系统映象中选择相应的功能。这种挑选单独组件的能力可以缩小操作系统的尺寸，这自然也就降低了恶意代码攻击的风险。就Windows XP Embedded SP2而言，它具备Windows XP SP2中所有的安全更新，这其中包括被默认关闭的所有端口（HTTP除外）。当然，系统构建者可以根据设备需要决定打开哪个端口。基于XP Embedded结构构建的普通操作系统以40 MB为基数递增，其大小取决于最终镜像中包含哪种操作系统组件/技术。
在嵌入式系统中使用Windows XP Embedded的一个优势是，可以提高开发速度。基于Windows XP Embedded的系统运行于我们非常熟悉的x86处理器和PC 架构的硬件之上。这意味着现有任何Windows 2000或Windows XP的设备驱动程序或应用无需修改就可以在Windows XP Embedded上运行。这是因为Windows XP Embedded操作系统拥有一套预制的兼容桌面的二进制组件，它能确保应用和驱动程序之间的兼容性。
Windows XP Embedded设备典型的开发过程是：首先使用名为Target Analyzer的工具保存底层硬件的快照，生成一个XML格式文件，并以该文件定义目标设备中的所有硬件组件。然后，将XML文件导入组件设计器（Component Designer)工具，保存为定制组件，然后利用该组件定义设备的硬件。另外，组件设计器也可导入.INF格式的文件，这样可以轻松地在Windows 2000或Windows XP设备驱动程序中生成组件。组件设计器还可用于创建定制元件，或为定制的外壳或应用程序定义元件。创建的元件可以定义文件、注册设置以及操作系统对元件的依赖性。一旦将被定义元件插入到Windows XP Embedded组件数据库中，则可以用于嵌入式设计。
开发Windows XP Embedded操作系统映像的下一个步骤是使用目标设计器（Target Designer）工具。此工具支持Windows XP操作系统的所有技术和驱动程序，以及嵌入特性（下面我们就会介绍）。系统开发人员只需选择所需组件，并将这些组件添加到项目工作区即可。可选组件包括目标分析器创建的硬件定义组件，可为许多设备定义起点的设计模板，包括Windows Based Terminal（瘦客户机）、销售点（Point of Sale）设备，机顶盒等。您还可以拖动目录中的单个组件，将其添加到项目设计中。在构建时，目标设计器将在项目工作区运行依赖性分析程序，以确保最终操作系统映像中包括所需的操作系统功能。例如，开发人员选择.NET设计框架，添加其.NET应用程序，然后构建操作系统镜像。在这一过程中，系统设计人员无需知道和了解.NET框架的依赖性，就可构建操作系统映像。
我们已经提到，Windows XP Embedded拥有某些嵌入的特定功能，包括从CD-ROM或闪存磁盘上启动和运行Windows XP Embedded。在这两种情况下，开发人员都希望将底层媒介设置为只读，因为闪存仅支持有限的写入，而CD-ROM在该启动环境中也是只读的。Windows XP Embedded配备的增强型写入过滤（Enhanced Write Filter）组件将截取操作系统和应用写入指令，而并不会将启动介质内容写入内置高速缓存。这意味着在关机状态下，底层介质不会产生错误，设备总能保持最佳启动状态。因为Windows XP Embedded的增强型写入过滤组件允许多次使用休眠文件，所以您将拥有极佳的启动环境，在这种启动环境下，系统启动时间和消费电子产品启动时间相仿。
那么，如何对Windows XP Embedded和Windows CE进行比较呢？Windows CE体积小巧，是一种硬实时嵌入式操作系统，它可以在多种处理器架构（如x86、MIPS、ARM和SH4）上运行。其内核仅为200kb，当然操作系统大小取决于设计中包含的组件。该操作系统配置一个典型的、支持802.11a/b/g的驻留网关，它可以通过一个基于Web的接口进行远程管理；一款容量不足4 MB的安全软件；一个功能齐备的掌上浏览器（Web Pad）镜像（包括Web浏览器、媒体播放器、办公文件浏览器，它支持.NET Compact Framework；以及一个约18 MB的Windows Explorer Shell。
Windows CE和Windows XP Embedded存在诸多本质区别。首先，Windows CE是一款全32位、Unicode操作系统，它不支持MS-DOS或Windows 3.x应用。此外，Windows CE的架构也与台式机不同。在台式机中，您可以找到三款核心操作系统组件：Kernel32、GDI32和User32。而Windows CE则不存在这些组件，具有相同功能的组件包括Coredll （kernel32）和GWES，Graphics Windowing以及Event Subsystem（相当于GDI32与User32的组合）。这意味着即使是简单的台式机应用也不能在Windows CE上运行，最小的台式机应用也需重新编译后才能在Windows CE设备上运行，这不仅因为架构不同，也因为Windows CE设备更适合在非x86处理器上运行。
Windows CE配备的一整套工具可用于配置、构建和调试嵌入式操作系统镜像。Platform Builder工具和Windows XP Embedded 目标设计器工具极其相似，开发人员可以使用Platform Wizard（类似于Windows XP Embedded设计模板）对操作系统进行初始配置，然后再从操作系统设计中添加或删除某些功能。Platform Builder还包含对操作系统功能依赖性的支持功能，例如，将.NET Compact Framework添加到某设计中，同样为所需的操作系统技术提供支持。